Les métiers de l’agroalimentaire se caractérisent par un niveau élevé de risques d’accident du travail, de plus de 50% par rapport à la moyenne de l’ensemble des activités professionnelles. Les salariés des IAA occupent fréquemment des postes qui impliquent des manutentions manuelles répétitives, des ports de charges lourdes et les postures de travail contraignantes (debout). Ces situations restent très fréquentes malgré l’automatisation grandissante du secteur. Les salariés sont parfois exposés au risques liés au travail au froid, que ce soit en chambre froide, en entrepôt ou à l’extérieur, parfois dans des milieux humides et soumis à des courants d’air (pêche).
Ces conditions favorisent l’apparition de troubles musculosquelettique (TMS), lesquels sont également engendrées par les cadences en flux tendu. 25 % des TMS reconnus comme maladies professionnelles concerne l’agroalimentaire.
Par ailleurs, les salariés sont exposés régulièrement aux produits chimiques pendant les opérations de nettoyage et de désinfection, qui sont essentielles et réglementées dans ces secteurs. Cette exposition peut engendrer des affections de la peau ou respiratoires.